Notizie da Centro Ricerche Sardegna Archive

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CRS4 Bioinformatica researcher joins editorial board of PLos ONE

CRS4 of PLos ONE

CRS4 Bioinformatica researcher joins editorial board of PLoS ONE, the largest open access journal in the world. In his role of Academic Editor, Alberto de la Fuente will be responsible for the process of peer review of articles in the field of Network Biology, in particular on Network Inference.

http://www.plosone.org

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Wonderbook alla Mediateca del Mediterraneo

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Alla Mediateca del Mediterraneo dal  23 dicembre 2011 al 20 gennaio 2012, bambini,  ragazzi e adulti potranno conoscere in una nuova chiave di lettura, alcune delle tecnologie ICT studiate e sviluppate a Polaris, attraverso la storia “Alla del ” realizzata da Sardegna Ricerche per Wonderbook, l’installazione interattiva sviluppata dal  CRS4 e dal  Open Media Center del Distretto ICT del Parco tecnologico di Pula.

 Laboratorio Open Media Center – www.labomc.it    Sardegna Ricerche – www.sardegnaricerche.it

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Seminar Series 2011: Acceleratori hardware del calcolo ad alte prestazioni

2011: del ad alte

immagine locandina cristini

Acceleratori hardware del calcolo ad alte prestazioni. Comparazione della performance di un algoritmo di ottimizzazione matematica su piattaforme FPGA, GPGPU e x86_64Mercoledì 28 2011, ore 16:30 -18:00
Cittadella Universitaria Monserrato – RelatoreAntonio Maria Cristini

I processori di ultima generazione per il calcolo parallelo, quali GPGPU (General-Purpose computing on Graphics Processing Units), FPGA (Field Programmable Gate Array) o i nuovi multicore di AMD ed Intel con decine di unità di calcolo per nodo, promettono altissime performance, grandi speedup con poche macchine e consumi ridotti.

Ma non è tutto facile ed immediato: infatti molti problemi algebrici non si adattano ad essere portati su queste architetture SIMD (Single Instruction, Multiple Data) che richiedono preferibilmente applicazioni organizzate per eseguire lo stesso insieme di istruzioni su dati stanziali distribuiti nelle memorie locali delle singole unità di calcolo del processore.

La sfida per il ricercatore è allora la riformulazione del modello matematico per la risoluzione di un problema noto in una sequenza di operazioni che si adattino perfettamente al paradigma di calcolo imposto da tali architetture.

Questa presentazione è la storia di come un metodo matematico per la ricostruzione acustica di un’immagine del sottosuolo, prima studiato solo a livello accademico, sia diventato per un’im- portante industria petrolifera un codice di calcolo fondamentale per l’esplorazione sismica di nuovi giacimenti. In 10 anni di vita, grazie al continuo riadattamento dell’implementazione alle ultime tecnologie del calcolo ad alte prestazioni, la produzione è passata dall’elaborazione di centinaia di Gigabyte in mesi di calcolo a quasi un Terabyte in qualche settimana.

Info e iscrizioneContattiCarole Salis

email: calis@crs4.it

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Seminar Series 2011: Un approccio integrato alla biologia dei sistemi

2011: Un alla dei

Relatore: Nicola Lai (CRS4)

Info e iscrizione

Nell’ambito delle metaboliche, la biologia dei sistemi (Systems Biology)può contribuire ad identificare i che regolano i processi metabolici a livello cellulare e come questi determinano la disfunzione fisiologica in sistemi organo-tessuto e nell’intero organismo. Per raggiungere questo obiettivo, i modelli modellistico-computazionali posso essere utilizzati per integrare proprietà strutturali e funzionali della cellula con quelle del sistema organo-tessuto. 

In questo ambito, il seminario riguarderà l’impiego di un approccio integrato della biologia dei sistemi che combina alcune tecniche sperimentali con quelle modellistico-computazionali per studiare i meccanismi che regolano il metabolismo energetico in condizioni fisiologiche e patofisiologiche con particolare riferimento al trasporto e consumo dell’ossigeno e all’utilizzazione dei carboidrati e dei grassi durante l’esercizio fisico.  

Saranno illustrate alcune tecniche sperimentali impiegate per la caratterizzazione della funzione energetica a livello cellulare, organo-tessuto ed organismo. Sarà discusso l’impiego di modelli matematici di sistemi fisiologici e metabolici come strumento sia per la formulazione di ipotesi sui meccanismi associati alla disfunzione metabolica sia per l’identificazione di specifici esperimenti necessari per testare le ipotesi.

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Il progetto COSMIC

Il ha per obiettivo lo di nuove tecnologie per l’esplorazione umana dello spazio,e ha consentito tra gli altri risultati, il deposito, nel luglio 2010, della domanda di brevetto congiunta UNICA/ASI per la realizzazione di elementi strutturali ad uso civile ed industriale sul suolo lunare e marziano.

Il progetto è coordinato dal Prof. Giacomo Cao dell’Università di (UNICA) e responsabile del Programma Bioingegneria del CRS4 ed è finanziato dall’Agenzia Spaziale Italiana (ASI).

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Laboratorio sviluppo sostenibile 2011: giornata conclusiva

2011:

Il 25 Novembre si è svolta la giornata conclusiva del laboratorio di sviluppo sostenibile organizzato dall’Università di in collaborazione con il CRS4 per la scuola di Dottorato in Pianificazione Territoriale.

L’evento è uno degli appuntamenti inseriti nel programma del seminario di formazione dal titolo: “Risorse ambientali e patrimoni culturali” che si svolgera’ il 25 e 26 novembre presso la Biblioteca comunale di Seulo (CA).Il laboratorio di sviluppo sostenibile, si è articolato in un percorso a tre fasi:   * quattro seminari (15, 22, 29 Giugno, 6 Luglio.) su diversi aspetti metodologici e presentazione di casi di studio;   * attività di studio dei dottorandi su specifiche tematiche individuate in collaborazione con e Province, presso i quali hanno svolto i tirocini;   * giornata di studio conclusiva (25 Novembre 2011) per la presentazione degli elaborati e delle proposte progettuali in base ai fabbisogni territoriali emersi durante il periodo di tirocinio.Maggiori informazioni, con i link ai materiali relativi al laboratorio ed alle prime 4 giornate sono disponibili qui:Info e materiale

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14 settembre: Laboratory Information Management System

14 :

La Collana di Seminari per la Valorizzazione dei risultati della riprenderà il 14 Settembre alle 16 e 30 (Cittadella Universitaria di Monserrato, Aula Magna Dipartimento di Fisica) con il seminario:

 Gianfranco Frau illustrerà il lavoro di di un sistema  informatico che consente di gestire:

tracciabilità dei passaggi sperimentaliaccesso facilitato ai dati strumentaliottimizzazione delle risorserazionalizzazione dei processisicurezzacontrollo dell’errore umano alla luce dell’esperienza della Piattaforma di Sequenziamento e Genotipizzazione del CRS4.Abstract Con l’acronimo LIMS (Laboratory Information Management System) sono indicati i informatici per la gestione delle attività dei laboratori analitici. I LIMS sono utilizzati per tenere traccia di ogni campione processato, per gestire in remoto il lavoro degli strumenti, per salvare i risultati e organizzarli in modo razionale, sempre attraverso un’interfaccia disegnata su misura dell’utente. Il CRS4 ha sviluppato un sistema in-house per la propria Piattaforma di Sequenziamento e Genotipizzazione e durante il seminario saranno descritte le fasi che hanno portato alla sua realizzazione. La struttura generale e l’interfaccia del LIMS del CRS4 sono stati modellati sulla base del dialogo sviluppatore-utente e il risultato finale è un sistema facilmente adattabile alle attività di qualsiasi .Parole chiave: LIMS, Laboratory Information Management System, laboratorio, tracciabilità, piattaforma di sequenziamento e genotipizzazione, campioni, ICT, databaseVideo completo:

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FestivalScienza: Alla ricerca del pixel perduto

: Alla del

Il CRS4 ha partecipato al FestivalScienza con i seminari di A. Cristini e G. Pagnini e con il  interattivo “Alla ricerca del pixel perduto”, curato dai ricercatori del Centro che collaborano con il Laboratorio Open Media Center del Distretto ICT (Sardegna Ricerche). 

http://www.labomc.it/pixelstory/

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Malattie autoimmuni comuni in Sardegna: dai geni ai meccanismi

in Sardegna: dai geni ai

locandina malattie autoimmuni

Malattie autoimmuni comuni in Sardegna: dai geni ai meccanismi Mercoledì 13 Luglio 2011, ore 11:00 -12:30
Sala Auditorium, Via Roma 253 – Relatore

Francesco Cucca – CNR

Le malattie autoimmuni rappresentano un grave problema sanitario in Europa e nelle popolazioni di origine europea dove globalmente affliggono circa il 4% della popolazione generale. Alcune di queste malattie, in particolare la sclerosi multipla e il diabete di tipo 1 hanno una tra le più alte incidenze al mondo in Sardegna. Numerose evidenze suggeriscono che queste malattie vengano causate dall’azione congiunta di numerose varianti genetiche in presenza di fattori ambientali ed epigenetici sconosciuti. 
I recenti progressi nelle tecnologie di caratterizzazione molecolare, dell’informatica e dell’analisi statistica accoppiati alla possibilità di studiare vaste casistiche attentamente selezionate, stanno offrendo un’opportunità senza precedenti per analizzare in maniera sistematica le basi genetiche di queste malattie e avviare studi funzionali mirati a livello dei prodotti proteici dei geni implicati. Rimangono tuttavia alcune problematiche aperte; in particolare siamo ancora lontani dalla completa delucidazione della componente genetica di queste malattie e dalla piena comprensione delle conseguenze funzionali di molte delle varianti associate con esse.
Durante l’intervento saranno discussi i risultati, i potenziali limiti e le prospettive delle ricerche in corso.

Info e iscrizioneContattiCarole Salis

email: calis@crs4.it

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CRS4 al Cagliari Festival Scienza 2011

CRS4 al 2011 Dal 4 al 19 novembre il CRS4 parteciperà al “Cagliari ”. Segnaliamo tra i numerosi appuntamenti in programma:

Venerdì 4 novembre. Inaugurazione
16:30 Luigi Cerruti (Dip. chimica organica Università di Torino): I chimici italiani e il Risorgimento

Sabato 5 novembre. Seminario
9:00 Antonio M. Cristini (CRS4): L’evoluzione dei super-computer raccontata da un ricercatore del CRS4

Martedì 8 novembre. Seminario
9:00 Gianni Pagnini, (borsista Regione Autonoma della Sardegna e CRS4): Un’esperienza quotidiana ai confini della scienza

Scarica il programma completo del FestivalScienza 2011

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